Tatsuya Shiba e a irmã dele, Miyuki Shiba, começam a estudar na Universidade Federal de Magia Afiliada. Os estudantes são separados em salas conforme o desempenho deles. Os estudantes com melhor desempenho vão para a Primeira Turma, os "Valorosos", enquanto os estudantes com menor desempenho vão para a classe "Insignificantes" e ficam na Segunda Turma. Miyuki, que atingiu a melhor pontuação, é escolhida representante de sala, enquanto Tatsuya, foi bem no teste teórico, mas teve péssima nota no teste prático, e ficou na Segunda Turma.
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Dois irmãos são admitidos no Primeiro Colégio da Universidade Federal de Magia. Enquanto a menina é colocada na Turma 1, o menino é colocado na Turma 2. A discriminação é algo presente e começa a incomodá-los logo no primeiro dia de aula... Afinal, o que separa uma turma da outra?
Miyuki e Tatsuya são convidados para assumirem cargos importantes no Comitê Disciplinar e no Conselho Estudantil, mas tem gente contra isso, já que Tatsuya é da Segunda Turma, e um Weed não deveria assumir posições importantes no Colégio.
Os estudantes do Primeiro Colégio começam a perceber como Tatsuya é poderoso. Enquanto isso, Tatsuya faz sua ronda como tarefa do Comitê Disciplinar e acaba precisando intervir em uma briga entre dois famosos duelistas de kendo.
Tatsuya precisa depôr sobre o ocorrido após a luta de kendo. Enquanto caminha rumo ao Ginásio para impedir outra briga, Tatsuya é atacado, o que o leva a pensar a respeito da organização anti-magia Blanche.
Está para acontecer um fórum aberto com relação a discriminação entre a Primeira e a Segunda Turma. Na discussão, participará a presidente do Conselho Estudantil, conhecida por não perder debates fundamentados logicamente. Uma surpresa desagradável acontece ao final do encontro e Shiba fica impressionado.
Mibu é encontrada junto com os outros estudantes tentando obter acesso ao material confidencial do colégio. Agora, eles estão atrás da Blanche.
A perseguição contra a Blanche continua, mas quais serão as medidas adotadas pelos alunos do Primeiro Colégio? Eles se organizam para fazer a última investida e coagir o grupo de terroristas.
Tatsuya é um dos nomes que surge para preencher a equipe de engenharia para a Competição dos Nove Colégios. No entanto, por ser aluno do primeiro ano e pertencer à Segunda Turma, ele precisará demonstrar que sabe fazer ajustes em um equipamento DAI.
Tatsuya apresenta seu novo dispositivo na FTL e é um sucesso absoluto. Na escola, eles se preparam para ir ao local de encontro da Competição dos Nove Colégios. No caminho, algo acontece.
Os preparativos para a competição estão quase prontos. Enquanto isso, Tatsuya e Miyuki se instalam no hotel, e Mikihiko descobre uma presença estranha por perto.
Os alunos dos Nove Colégios estão disputando em diversas modalidades e almejando o título principal, de qual Colégio é melhor. Enquanto eles avançam pelas qualificatórias, os estrategistas do Primeiro Colégio alertam: eles precisam vencer quatro das seis modalidades para terem chances.
Durante o Battle Board Feminino, Watanabe Mari sofre um acidente e é levada para o Hospital. Tatsuya ajuda ela a se recuperar com sua magia, mas mesmo assim, ela ainda teve que se retirar do Mirage Bat. Tatsuya suspeita que aquele acidente não foi acidental!
Continua a competição e a fama de Tatsuya só cresce com engenheiro. As qualificatórias estão acabando.
Depois de um ocorrido, Tatsuya recebe um convite. Enquanto isso, alguém está perto de descobrir a identidade de Taurus Silver. A competição continua.
As partidas do Monolith Code estão acontecendo e o duelo entre Ichijo e Tatsuya se aproxima.
A final do Monolith Code começa. Qual a estratégia que Tatsuya vai montar para garantir a vitória para o Primeiro Colégio? Será que ele consegue derrotar George e Ichijo?
Um outro ataque durante a Competição dos Nove Colégios e, quem está por trás destes ataques, entra em desespero para conseguir impedir o Primeiro Colégio de vencer.
A competição chega ao fim e Tatsuya está cada vez mais perto de acertar as contas com quem tentou prejudicar sua querida irmã.
A Competição de Teses se aproxima e Tatsuya foi convidado a entrar para a equipe que representará o Primeiro Colégio. Enquanto isso, um conflito e uma caçada começa pelas Relíquias capazes de armazenar Sequências Mágicas.
A revelação de notas tecnologias durante a Competição de Teses acabou despertando o interesse de organizações obscuras. Os alunos do Primeiro Colégio estão correndo risco de vida.
A organização para a Competição de Teses continua, assim como as tentativas para frustrar o esforço de Tatsuya.
Tatsuya acabou descobrindo quem era o espião no Primeiro Colégio, mas reviravoltas acontecem e todos correm perigo.
Começa a Competição de Teses. Tatsuya encontra com Cardinal George e um embate no campo teórico está prestes a ter início.
Os ataques começam e Tatsuya precisa trabalhar em grupo com os outros alunos do Primeiro Colégio para realizar a proteção e evacuação dos civis.
Depois de acontecer alguns problemas com a passagem subterrânea, o pessoal da Competição de Teses precisará encontrar cheio de fazer a evacuação. Enquanto isso, Tatsuya e o exército descobrem quem são os inimigos.
A disputa final entre a defesa de Yokohama e a Grande Aliança Asiática chega ao fim.
