Os ghouls da Anteiku invadiram a base da Aogiri para resgatar Ken Kaneki, que está sendo torturado. Devido a tudo que sofreu, Kaneki aceitou seu lado ghoul e conseguiu derrotar Jason. Para se tornar mais forte, ele decide se juntar à Aogiri e deixar seus amigos da Anteiku.
Tendo derrotado Jason e aceitado sua metade do ghoul, Kaneki se junta a Aogiri Tree para proteger aqueles que estão perto dele na Anteiku.
Agora com Kaneki em suas fileiras, a Aogiri Tree toma a ofensiva contra o CCG, e Amon é apresentado à filha de Mado, Akira, que é designada para se tornar sua nova parceira.
Kaneki e Ayato resgatam Naki, uma das antigas coortes de Jason da custódia do CCG, e se preparam para invadir a prisão de segurança máxima para Ghouls conhecida como "Cochlea". Enquanto isso, Tōka faz uma visita à universidade onde Kaneki costumava frequentar, onde ela encontra um encontro com Hideyoshi.
Aogiri começa a invasão de Cóclea e liberta a maioria dos Ghouls presos, enquanto Amon e Akira visitam a prisão para aprender mais sobre o plano de Aogiri com Donato Porpora. Entre as batalhas entre o CCG, a segurança da Cóclea e os ghouls, Kaneki encontra um ghoul chamado Orca com ordens para libertá-lo, mas é atacado por ele.
A batalha em Cochlea se intensifica em várias frentes e quando Ayato está quase morto, ele é resgatado no momento certo por Kaneki, que passa por uma transformação bizarra depois de consumir os corpos de vários Ghouls mortos para se capacitar.
O aparecimento do "Coruja de Um Olho", considerado o mais perigoso de todos, deixa o CCG em estado de alerta, enquanto Kaneki se contorce de dor devido à sua nova condição.
Preocupada com o desaparecimento de Kaneki, Hinami quer fazer algo por ele, mas não tem certeza, até que Kaneki apareça na Anteiku e ela pede que Touka o veja novamente.
Durante a visita de Kaneki a Yoshimura, ele pede informações sobre a Coruja e conta a história trágica de um jovem ghoul chamado Kuzen. Touka faz planos para sair da Anteiku. Um dia de neve traz consigo bons negócios no café.
Yoshitoki recebe permissão para executar a operação para erradicar a coruja. Os muitos oficiais do CCG envolvidos na missão demoram um tempo para escrever as últimas palavras que possam ter, pois a 20ª ala é isolada e seus civis evacuados.
A batalha entre CCG e Anteiku continua, e Koma, Irimi e Yoshimura enfrentam os investigadores especiais. Quando um civil é pego no meio, Hachikawa continua a pressionar seu ataque inabalável. Shinohara recebe alguns conselhos inesperados.
Suzuya é deixado sozinho para enfrentar a recém-chegada Coruja de um olho. Aogiri Tree se junta à batalha contra o CCG, que se vê sobrecarregado pelo grande número de oponentes. Enquanto isso, Kaneki confronta Amon, que fica no caminho da Anteiku.
Depois de acordar na Anteiku, ele ouve alguém mencionar que "fazer café é difícil". Quando a pessoa sai, é revelado que é Hide. Quando Kaneki percebe que está com o olho ghoul ativado, Hide diz a ele "Eu sabia".