O diversificado grupo de náufragos da rede ABC permanece perdido na ilha deserta habitada por misteriosas criaturas que surgem na noite. Visto que a maioria dos sobreviventes desistiu da ideia de resgate, agora concentram-se em permanecer vivos.
Jack, Locke e Kate exploram a misteriosa escotilha enquanto Shannon persegue Vincent, o cão, e encontra um rosto familiar na selva.
Michael e Sawyer lutam pela vida em alto mar e descobrem um novo predador. Em terra, Locke desce pela escotilha para achar Kate, que estava perdida.
Jack, Locke e Kate conhecem melhor a escotilha. Depois de espancados e presos, Sawyer, Michael e Jin querem saber se seus capturadores são os Outros.
Hurley luta com uma tarefa dentro da escotilha enquanto se lembra de coisas perturbantes. Sawyer e os outros descobrem a identidade dos capturadores.
Michael entra na selva para procurar Walt, mas descobre que não está sozinho. Os capturadores de Sawyer e Jin exigem ser levados ao acampamento.
A ferida de Sawyer se agrava e ameaça sua vida enquanto ele, Michael e Jin retornam do interior da ilha com os sobreviventes da cauda do avião.
Os primeiros e angustiantes 48 dias dos outros sobreviventes são revelados. Flashbacks mostram histórias de Ana Lúcia, Sr. Eko, Bernard e Libby.
A violência explode quando Ana Lucia e seu grupo prendem Sayid e os outros náufragos, enquanto flashbacks revelam sua vida problemática.
O crime original de Kate é revelado e ela acha que algo a está assombrando por meio de Sawyer. Locke e Eko fazem uma descoberta sobre o filme.
Claire perde a confiança em Charlie depois que Eko o questiona sobre a estátua da Virgem Maria e Kate corta o cabelo de Sawyer, que está se recuperando.
Jack, Locke e Sawyer seguem Michael, que está determinado a entrar na selva em busca dos terríveis Outros, procurando Walt.
Sonhos muito nítidos fazem Charlie acreditar que Aaron está em perigo. Locke suspeita que ele se está se drogando de novo. Sawyer incentiva Hurley a paquerar Libby.
Quando Sun fica gravemente ferido durante uma tentativa frustrada de sequestro, alguns dos sobreviventes da ilha temem que os Outros tenham retornado.
Depois do ataque a Sun, os sobreviventes acham que um deles pode ser um Outro. Sawyer revela a mentira de Hurley e o chantageia.
Quando o bebê Aaron contrai uma misteriosa doença, desesperados, Claire, Kate e Danielle retornam ao local onde Claire foi sequestrada, esperando encontrar a cura.
Locke chama Ana Lucia para interrogar Henry Gale sobre o balão que o trouxe à ilha. Sun se dá conta de que pode estar grávida.
Quando a escotilha ganha vida própria, Locke convoca a ajuda de um aliado inesperado. Ana Lúcia, Sayid e Charlie buscam descobrir a verdade sobre Henry Gale.
Libby oferece apoio a Hurley, que acha que a ilha está provocando estranhos efeitos sobre ele depois que começou a ver seu amigo do hospício.
Rose é contra o plano de Bernard de criar um sinal de SOS. O romance entre Jack e Kate reacende quando eles propõem um pacto com os Outros.
Depois de encontrar Michael exausto na floresta, Jack e Kate o levam ao acampamento principal, onde ele revela novos detalhes sobre os Outros.
O Sr. Eko sonha que o irmão o leva a um lugar e busca a ajuda de Locke para achar esse local enquanto Jack enfrenta um problema na escotilha.
Michael convence Jack a ajudá-lo a resgatar Walt. Locke está encarregado da escotilha e arrisca a segurança de todos ao decidir que deve apertar o botão.
Depois de descobrir algo estranho no mar, Jack e Sayid traçam um plano para confrontar os Outros e trazer Walt de volta. Eko e Locke se esmurram.
Michael, Jack, Kate, James e Hurley armados abordam os Outros por terra enquanto Sayid, Sun e Jin atacam pelo mar. A história de Desmond é revelada.