Na terceira temporada desta série vencedora do Emmy, os sobreviventes continuam a unir forças à medida que aumenta a paranoia, revelando mais do passado deles e dos segredos sobre o misterioso perigo da ilha.
Jack, Kate e Sawyer são sequestrados pelos Outros, que se revelam mais sofisticados e espertos que alguém jamais imaginou.
A vida de Sun e Jin está em perigo quando Sayid tenta localizar Jack e os outros náufragos. Sayid também planeja atrair a atenção dos Outros.
Locke, Eko e Desmond se separam após a implosão da escotilha e Locke recebe uma mensagem da ilha pedindo a ele que resolva a situação que causou.
Os Outros evitam que Sawyer e Kate escapem e Jack é convocado para usar seu treinamento médico e salvar a vida de um dos Outros.
Eko, delirante, luta com seus demônios e alguns dos náufragos vão à estação Pérola para achar um computador que pode localizar Jack, Kate e Sawyer.
A vida de Sawyer corre perigo quando Pickett decide cumprir a ameaça. Locke descobre uma mensagem oculta que pode desvendar os segredos da ilha.
O destino da vida de Ben está nas mãos de Jack, e Kate e Sawyer ajudam Alex em troca de um barco. Juliet toma uma decisão que arrisca sua posição.
Depois que Desmond salva Claire de afogamento, Charlie pede a Hurley que o ajude a descobrir por que Desmond consegue predizer o futuro.
Começa uma disputa pelo poder entre Jack e Ben já que o futuro de Juliet está em jogo. Kate e Sawyer lidam com as consequências da fuga.
Kate luta contra a decisão de deixar Jack nas mãos dos Outros. Hurley encontra uma van e a usa para ajudar um sobrevivente que precisa de esperança.
Na missão de resgate de Jack, Kate, Sayid e Locke tropeçam em uma misteriosa estrutura cercada por animais da fazenda e encontram seu estranho habitante.
Claire tem a ideia de enviar uma mensagem ao mundo lá fora. Charlie, no entanto, resiste à ideia e Desmond tenta sabotar o plano.
Quando Locke e Kate chegam ao acampamento dos Outros, Ben promete contar a Locke os segredos da ilha desde que ele pare com o plano destrutivo.
Quando Paulo e Nikki aparentemente morrem, os náufragos tentam descobrir o que aconteceu com eles. Flashbacks mostram o que eles estavam fazendo antes do acidente.
Os Outros estão indo embora e um dos náufragos vai com eles. Kate leva um soco, desmaia e acorda algemada a Juliet. Ela decide pegar Jack.
Jack volta, mas ninguém quer festejar quando vê que Juliet veio com ele. Flashbacks mostram a vida dela antes e depois de chegar à ilha.
Desmond convence Hurley, Jin e Charlie a segui-lo na selva depois de ter visões. Flashbacks revelam o tempo em que Desmond viveu com monges.
Sun fica sabendo o que acontece com mulheres grávidas na ilha e Juliet a leva ao restp do pessoal para saber a data da concepção do bebê.
Depois de abandonar os Outros, Locke ajuda Sawyer a eliminar um inimigo comum. Na praia, a paraquedista Naomi tem informações cruciais sobre o voo 815.
Locke enfrenta Ben e exige ser levado a Jacob. Ben lembra de sua infância na ilha, revelando a história da Iniciativa Dharma.
Novamente, Desmond prevê a morte de Charlie, mas desta vez Charlie a enfrenta corajosamente. Jack elabora um plano para resistir quando os Outros chegarem.
A emboscada aos Outros termina com Sayid, Jin e Bernard capturados. Ben envia Mikhail para negociar com Charlie na Estação Espelho.
Ben enfrenta Jack, reclamando que Naomi não é quem parece. Dentro do Espelho, Charlie e Desmond tentam desarmar o sinal de bloqueio.